يعد حليب الكتان مصدراً هاما لأحماض أوميغا-3 الدهنية النباتية، وللألياف القابلة وغير القابلة للذوبان، كما له تأثيرات مضادة لفرط سكر الدم، وغيرها من العناصر المفيدة للجسم.
ويساعد حليب الكتان في تحسين صحة البشرة، والوقاية من أمراض القلب، وتصلب الشرايين والسكتة الدماغية، كما أنه يعالج أعراض انقطاع الطمث من خلال النظام الغذائي.
ويساهم أيضا في تحسين نمو الدماغ إلى جانب تقوية الذاكرة، وتغذية جذور الشعر، وفقدان الوزن الزائد، وخفض الكوليسترول.
وبرغم هذه الفوائد فيجب ألا يتم تناوله لأكثر من حوالي 15-100 غرام من السيانيد، إذ أنه يحتوي على مركبات سامة معينة مثل الغليكوسيدات السيانوجينية والليناتين التي تتحول إلى سيانيد الهيدروجين في الجسم، ويمكن أن تسبب التسمم بالهيدروجين إذا زادت كمية تناوله عن الحد المسموح به.